I afdelingen for Bakterier, Parasitter og Svampe arbejder vi med kontrol af infektiøse bakterier. Vi har implementeret hel-genom sekvensering (WGS) af bakterier som en avanceret del af vores sygdomsovervågning, til udbrudseftersporing og som del af vores forskningsprojekter. Vi tilbyder en 3-årig stilling som bioinformatikker i sektion for fødevarebårne infektioner.

Jobbets indhold
Du bliver en del af et team med stærke ambitioner inden for udvikling af nye teknikker til forståelse af bakteriel evolution, optimering af analyse af WGS-data til brug for overvågning af infektioner og påvisning af fødevarebårne udbrud samt udvikling af metagenomics-baserede løsninger til dette. Stillingen involverer deltagelse i flere udviklings- og forskningsprojekter samt deltagelse i vedligehold og udvikling af eksisterende pipelines og kræver derfor:

• Vant til at arbejde på HPC og i unix miljøer
• Solid erfaring med objektorienteret programmering i Python, med fokus på struktur, test, optimering, vedligeholdelse og effektiv fejlfinding i kode, samt pipelines i Snakemake.
• Version control via Git (or GitHub)
• Gerne erfaring med databaser (MongoDB, SQL)
• Test og implementering af nye bioinformatiske metoder
• Erfaring med analyse af bakteriegenomer, SNP, cgMLST, AMR, metagenomics, pangeomics, phylogentics.
• Gerne erfaring med både short- og long-read WGS samt targeted or metagenomic sequencing.

Din baggrund
Det er en forudsætning for at besidde stilling, at du har en akademisk uddannelse fx inden for bioinformatik. Du har også gerne en ph.d., men det er ikke et krav.

Du har god softwarepraksis, herunder dokumentation, og har lyst til at arbejde med systemadministration og brugersupport. Du er god til at identificere problemer og foreslå løsninger, og du trives med at lære nye færdigheder som en del af dit arbejde. Derudover har du stærke samarbejds- og kommunikationsevner på tværs af discipliner og kan arbejde på flere projekter sideløbende.

Vi tilbyder
Dine evner og dit engagement bidrager til at løse vores fælles kerneopgave.

SSI er en arbejdsplads, der er internationalt anerkendt for at løse nationale og globale sundhedsopgaver. Du bliver en del af en organisation med 900 medarbejdere, der løfter meningsfulde opgaver, som styrker menneskers og dyrs sundhed gennem forskning og beredskab.

Vores hverdag er præget af mange forskelligartede opgaver, åbne døre og et bredt samarbejde med engagerede og dygtige kollegaer. Du får mulighed for en fleksibel hverdag med en god balance mellem arbejde og fritid, da SSI er en arbejdsplads med en 37-timers arbejdsuge inkl. Frokostpause, samt flekstidsaftale.

På SSI har vi en aktiv personale- og idrætsforening (IK-SERA) med holdtræning og motionslokaler, fredagsbar og forskellige sociale arrangementer – og vores Campus rummer endda både tennisbaner og egen børneinstitution. SSI er placeret centralt beliggende i København med grønne arealer og gode offentlige transportmuligheder (bus og metro) og har fri parkering på området.

Sådan er dit kommende team
VI tilbyder et spændende job med højt kvalificerede kollegaer i et dedikeret team der består af 17 akademikere og 9 laboranter der arbejder med overvågning og forskning inden for evolution, typning og epidemiologi af fødevarebårne bakterier.

Lyder jobbet som noget for dig?
Send os dit CV og ansøgning. Vi beder dig om ikke at indsætte et foto i dit CV, da vi bestræber os for en mere inkluderende rekrutteringsproces med lige muligheder for alle vores jobansøgere.

Vi forventer at afholde samtaler fra uge 16.

For mere information om stillingen kontakt Eva Møller Nielsen (emn@ssi.dk; 32683644) eller Kristoffer Kiil (krki@ssi.dk; 32683396).

Dine ansættelsesvilkår
Du vil blive ansat i henhold til gældende overenskomst mellem Finansministeriet og Akademikernes Centralorganisation. Alt efter kvalifikationer kan du blive indplaceret som akademisk medarbejder eller eventuelt specialkonsulent.

Stillingen er tidsbegrænset til 3 år.

Vi ser frem til at høre fra dig.